Pasquale II (Raniero Ranieri – 1099-1118) fece demolire il sepolcro, in seguito a numerose storie di influenza demoniaca legate alla tomba (vedi testo), e fece costruire, al suo posto, una cappella. Nel 1227, Gregorio IX (Ugolino dei Conti di Segni – 1227-1241) fece ingrandire la cappella e vi fece trasportare l'immagine di Santa Maria del Popolo che era conservata in Laterano. La chiesa è stata officiata, fin dall’inizio, dai Francescani che furono sostituiti, nel 1250, dagli Agostiniani della congregazione toscana, che costruirono un grande monastero al lato della chiesa. Tra il 1472 e il 1477, Sisto IV (Francesco della Rovere – 1471-1484) ricostruì la chiesa, il cui architetto resta di difficile identificazione, anche se Giorgio Vasari (1511-1574) ha indicato Baccio Pontelli (1450-1494) come suo autore. Tanto più che nell’opera intervennero i maggiori artisti dell’epoca nelle numerose cappelle gentilizie: Andrea Bregno (1418-1506) che costruì l’altare maggiore, il Bramante (1414-1514) per il coro ligneo, Carlo Maderno (1556-1629) nella cappella Cerasi, Raffaello Sanzio (1483-1520) nella cappella Chigi e molti altri. Nel 1472, gli Agostiniani, la cui congregazione toscana fu sostituita da quella lombarda, officiano la basilica ancora oggi, e ospitarono l’Agostiniano Martin Lutero (1483-1546) durante il suo viaggio a Roma (1510). Giulio II (Giuliano Della Rovere - 1503-1513) l’arricchì ancora di pitture e sculture. Molto soffrì la chiesa nel sacco di Roma del 1527 ed il convento distrutto fu ripristinato solo nel 1572. Pio V (Antonio Michele Ghislieri – 1566-1572) la eresse a parrocchia e Sisto V (Felice Peretti – 1585-1590) a titolo cardinalizio, nel 1587. La volontà di Alessandro VII (Fabio Chigi - 1655-1667) di rinnovare e di potenziare la basilica di Santa Maria del Popolo, nacque quando, cardinale titolare, si rese conto come, la cappella rinnovata, dovesse trovare un contesto adeguato nel rinnovo dell’intera aula. Nel 1626, ancora monsignore, si impegnò in una lotta legale per il recupero della cappella di famiglia, fondata dal suo avo, Agostino Chigi (1466-1520), il grande banchiere. Il suo rapporto di grande ammirazione per Gian Lorenzo Bernini (1598-1680) condusse alla scelta di questo artista per il rinnovamento della cappella e dell’intera chiesa, i cui lavori, riguardanti essenzialmente l’interno, ma anche la facciata, iniziarono nel 1655 e terminarono nel 1660. La valorizzazione della basilica fu completata con la sistemazione della piazza, operata da Giuseppe Valadier (1762-1839) dal 1810 al 1834, in seguito alla quale il monastero fu demolito.
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