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Nel 589, probabilmente una forte inondazione mise fine a queste pratiche religiose ed il terreno, rialzato di circa 2,5 m., fu liberato da detriti di ogni genere. In questo secolo (datato dal mosaico absidale ancora esistente) fu edificata la prima chiesa, di cui non resta che il mosaico absidale e parti del presbiterio. Sotto Gregorio I (590-604) la chiesa divenne diaconia.
La vicinanza della chiesa al Lupercale, dove la Lupa aveva allattato i gemelli Romolo e Remo, trasferì sulla figura di San Teodoro (San Toto) proprietà protettive dei bambini e dei loro genitori. Credenza che perdurò nel tempo fino alla metà del XX secolo.
Il “Liber Pontificalis” riporta vari restauri succedutisi nel tempo e dovuti a papa Adriano I (772-795) nel 774, a papa Leone III (795-816) nel 795 e papa Gregorio IV (827-844) nell'835.
Niccolò V (Tommaso Parentucelli - 1447-1455) ricostruì l’antica chiesa, caduta in rovina, forse per mano di Leonardo Rossellino (1409-1464) che conservò l’abside e il suo mosaico del VI secolo (restaurato, anche malamente, a più riprese), così come la vediamo oggi.
Nel 1471, nella chiesa, per la sua vicinanza al Lupercale (la grotta che aveva ospitato la Lupa con Romolo e Remo), fu ospitata la Lupa Capitolina che dal X secolo presiedeva alle esecuzioni di giustizia al Laterano. Lo stesso anno, Sisto IV (Francesco Della Rovere – 1471-1484) ne fece dono al popolo romano e, da allora, la lupa si trova in Campidoglio (ora ai Musei Capitolini)
Sisto V (Felice Peretti 1585-1590) abolì il titolo cardinalizio.
Il cardinale Francesco Barberini (1597-1679), nel 1643, fece ristrutturare la chiesa che, nel 1527, aveva subito i danni del Sacco di Roma.
Ma il problema che aveva, da sempre, compromesso l’agibilità della chiesa era l’acqua che dal Palatino si raccoglieva nel sottosuolo e in superficie danneggiando le strutture e gli affreschi.
Tra il 1703 e il 1705, Clemente XI (Giovanni Francesco Albani – 1700-1721) incaricò Carlo Fontana (1638-1714) di ovviare a tale inconveniente. Il Fontana realizzò, davanti la chiesa, un sacrato pavimentato, sovrapposto all’antico cimitero, che ridusse il problema dell’acqua per la chiesa. In quell’epoca, era tradizione invocare il Santo in favore dei bambini con infezioni alla gola e al torace.
Nel 1729, Benedetto XIII (Pietro Francesco Orsini – 1724-1730) concesse la chiesa all’Arciconfraternita del Sacro Cuore di Gesù che, per la veste bianca adottata dai fratelli, era chiamata “Arciconfraternita dei Sacconi Bianchi”. L’Arciconfraternita, fondata nel 1725 a Roma, lasciò la chiesa di San Teodoro al Palatino nel 1970 per quella di San Tommaso in Parione.
Nel 1959, Giovanni XXIII (Angelo Giuseppe Roncalli – 1958-1963) ristabilì il “Titulus Theodori”.
Nel 2004, il patriarca ecumenico di Costantinopoli, Bartolomeo I (1940-in vita), ricevette in uso la chiesa da Giovanni Paolo II (Karol Wojtyła – 1978-2005) e presenziò alla sua inaugurazione.
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