La Confraternita dei Falegnami, che si era scissa da quella dei Muratori nel 1539, aveva ottenuto di tenere le sue adunanze in San Pietro in Carcere ma, nel 1546, per ragioni di spazio, ottenne il permesso di edificare una chiesa (forse in legno), sovrastante il Carcere Mamertino, che prese il nome di “San Giuseppe sopra San Pietro in Carcere”. Nel 1597, la Confraternita decise di costruire una vera chiesa, al posto della precedente e confidò l’opera a Giovanni Battista Montano (1534-1621) che arrivò a terminare la facciata nel 1602. Lo sostituì il suo allievo (1621), Giovan Battista Soria (1581-1651). Ma i lavori terminarono solo nel 1663 con Antonio del Grande (1607-1679), quando la chiesa fu consacrata. Erano stati realizzati: la Chiesa, l’oratorio del SS Crocifisso, sotto forma di cripta della chiesa e un palazzetto posto alla destra della chiesa stessa, per i bisogni della Confraternita. Nel 1836, fu operato un restauro, in occasione dell’installazione dell’organo e, nel 1863, fu rinnovata l’abside e rivista la decorazione interna. Nel 1932 fu modificata la piazza circostante, il cui livello fu notevolmente abbassato, tanto da permettere l’ingresso diretto al Carcere Mamertino tramite una scala esterna, sormontata da un portico che, salendo, permise di raggiungere l’ingresso alla chiesa e, scendendo di entrare nel Carcere Mamertino. La Confraternita rimane responsabile della chiesa e dell’edificio di “servizio”, mentre la gestione del Carcere dipende dalla diocesi.
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