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Il complesso era dedicato alla Madre di Dio e ai Santi Giovanni, Battista ed Evangelista.
Si crede anche che la primitiva chiesa occupasse la posizione dell’attuale transetto, che avesse il suo altare maggiore in corrispondenza del tempietto di Sant’Elena (cappella di Sant’Elena) e l’ingresso sulla piazza del Campidoglio. Infatti, sui lati esterni del transetto sono stati trovati dei tratti antichi di muro in blocchi di tufo.
In quel tempo vi era venerata l’immagine della Madonna Hagioritissa (Agion Oros=Monte Santo=Monte Athos - VI sec.), forse portata dal Monte Athos dai monaci bizantini.
L’icona sembra essere parte di un trittico in legno, del VI secolo. La tradizione la dice portata in processione da San Gregorio Magno (590-604) in occasione della pestilenza del 590. L’immagine è ora esposta sull’altare maggiore della basilica attuale.
La tradizione crede che la chiesa sia stata fondata da Sant’Elena (248-329), o da papa Gregorio Magno (591), ma il primo documento che parla della chiesa e del convento risale al 944, dove è presentata come possedimento dell’abbazia di Subiaco (Benedettini) e, poco dopo, in un altro documento del 1015, firmato dal suo abate: “Ego Dominicus Abbas Capitolii”.
La chiesa è pure menzionata nel catalogo (1192) di Cencio Camerario (1150-1227), come “Santa Maria in Capitolii”.
I Benedettini subentrarono, presumibilmente, verso l’inizio del X secolo, quando la chiesa e il monastero erano stati abbandonati dai monaci bizantini, probabilmente ritornati in Medioriente, alla fine della persecuzione iconoclasta (VIII sec.).
Nel 1130, l’elezione del papa era stata assai controversa, tra la fazione dei Frangipane e quella dei Pierleoni. Essa portò all’elezione di Innocenzo II (Gregorio Papareschi – 1130-1145) e di un antipapa Anacleto II (Pietro Pierleoni – 1090-1138).
Il Monastero Capitolii aveva appoggiato quella dell’antipapa e, 119 anni dopo, fu Innocenzo IV (Sinibaldo Fieschi – 1243-1250) che, nel 1249, concedette l’antica chiesa e il Monastero Capitolii all’Ordine dei Francescani, scacciando i Benedettini (la vendetta è un piatto che si serve molto freddo…).
I Francescani vi stabilirono la loro sede generalizia e decisero di ricostruire la chiesa, come la vediamo oggi ed il convento distrutto, poi, per l’edificazione dell’altare della Patria, nel 1873.
La chiesa assunse, per la sua posizione, la funzione di palestra ufficiale per le cerimonie del senato romano. Carlo d’Angiò (1226-1285), nominato senatore romano, per intervento del cardinale Riccardo Annibaldi (c.1210-1276), vi riunì il Popolo Romano.
Cola di Rienzo (1313-1354), ripristinò il ruolo di Tribuno della plebe e, in assenza dei papi rifugiati in Avignone, lanciò dal Campidoglio la lotta contro la nobiltà romana.
Architetto di questa trasformazione e riorientamento della chiesa, probabilmente Arnolfo da Cambio (1245-c.1310) che ha lasciato testimonianza di se in numerose opere, sopravvissute alla ristrutturazione voluta da Pio IV (Giovanni Angelo Medici - 1559-1565), come il sepolcro di Luca Savelli (1190-1266 - vedi Lapidi) o il rialzamento del calpestio del transetto e di altre opere smembrate e, oggi, ospitate nel museo capitolino, come la creazione del tribunale, o scuola di giustizia, di Carlo d’Angiò, per il quale fu ricavato un vasto ambiente (le tre cappelle limitrofe al transetto destro) che serviva ad esercitare la giustizia nei giorni di mercato. L’ingresso del tribunale, posto perpendicolarmente al fianco destro della chiesa, prima che nel XVI secolo fossero edificate le prime tre cappelle di destra, era sovrastato da una statua di Carlo d’Angiò, manifattura di Arnolfo di Cambio (Museo Capitolino).
La consacrazione della chiesa, di stile gotico con pavimentazione e arredo cosmateschi, avvenne nel 1268, ma altri importanti lavori si svolsero, tra il 1280 e il 1300, a spese della famiglia Savelli che realizzò nel transetto sinistro la propria cappella di famiglia.
Papa Paolo III (Alessandro Farnese – 1534-1549) costruì un passaggio coperto che riuniva il suo palazzo (poi Venezia) con una torre annessa al monastero sul colle Capitolino, che permetteva ai papi di passare dal palazzo al colle, per motivi di difesa e per diletto.
Fino a Sisto V (Felice Peretti – 1585-1590), che restituì il pieno possesso del monastero ai frati Francescani, altri papi, attraverso questo passaggio, fecero del monastero la residenza estiva dei papi.
Sotto Pio IV (Giovanni Angelo Medici - 1559-1565), nel 1565, fu operata una ristrutturazione che portò all’eliminazione di numerosi monumenti funebri e all’approfondimento dell’abside per ospitarvi la “Schola Cantorum”, che in precedenza era posta davanti all’altare maggiore.
Nello stesso tempo (1564), l’uscita laterale su piazza del Capidoglio, che si trovava all’altezza dell’attuale cappella di San Matteo, fu spostata, smantellando la cappella Felici, là dove ancora oggi si trova l’uscita.
Nel 1575, in ringraziamento della battaglia di Lepanto (1571), fu realizzato l’attuale soffitto della chiesa a cassettoni di legno dorato.
Nel 1686, le finestre gotiche della navata centrale vennero sostituite da finestre rettangolari (esternamente si può ancora vedere la parte alta delle finestre gotiche, lasciata sul posto), mentre ai due ingressi laterali furono aggiunti i bassorilievi di San Giovanni e San Matteo.
Nel 1727, il padre Josè Maria Fonseca da Evora (1690-1752), procuratore del convento, incaricò Filippo Raguzzini (1690-1771) di ristrutturare il transetto, cosa che fece scomparire la cappella Savelli (una parte della transenna cosmatesca della cappella è infissa sotto l’immagine della Madonna sull’altare maggiore), meno alcune tombe della famiglia, tra cui quella di Luca Savelli e quella di sua moglie Giovanna Aldobrandeschi.
L’invasione francese del 1797 ridusse la chiesa in stalla e il convento in caserma.
I monaci Francescani furono cacciati e non vi fecero ritorno che nel 1815.
Nel 1873, dopo essere stato confiscato dal governo italiano, il convento fu, in gran parte, demolito per la costruzione del Vittoriano. La chiesa rimase intatta.
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