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É quindi probabile, ma non certo, che la chiesa esistesse fin dai tempi di Leone III e che facesse parte dei possedimenti della “Schola Frisorum” che era incaricata dell’accoglienza dei pellegrini della regione Frisona (tra l´Olanda e la Germania del nord) che si recavano in pellegrinaggio a Roma o di dar loro sepoltura in caso di morte, nel sotterraneo di cui era dotata la chiesa medievale.
Nel 1053, Leone IX (Bruno von Egisheim-Dagsburg – 1049-1054) aveva limitato la sepoltura nella chiesa di appartenenza solo per i pellegrini Frisoni morti all’interno della schola (gli altri erano sepolti in San Salvatore al Terrione, in Piazza del Sant’Uffizio, in Vaticano) e confermato la soggezione della schola, come di tutte quelle di Borgo, a San Martino degli Svizzeri.
La chiesa primitiva fu distrutta nel sacco di Roma del 1084 di Roberto d’Altavilla (1015-1085), detto il Guiscardo, che era venuto a liberare Gregorio VII (Ildebrando Aldobrandeschi di Soana – 1073-1085) da Enrico IV di Franconia (1050-1106), che occupava Roma ed alloggiava alla schola Frisorum.
Nel 1141 la chiesa fu ricostruita e consacrata da Innocenzo II (Gregorio Papareschi - 1130-1143) che vi trasportò le spoglie di San Magno di Anagni, martire (fine II sec.-251) e vi aggiunse il campanile. La chiesa prese, da quel momento, il nome dei Santi Michele e Magno.
Nel 1198, Innocenzo III (Lotario dei Conti di Segni – 1198-1216) ribadisce la soggezione della schola Frisorum ai Canonici di San Pietro, riservandosi, però, il diritto di nomina dei prelati addetti alla chiesa.
Con il passare del tempo, l’importanza delle schole nazionali viene meno e nel 1300, anno santo, si compie il possesso del Capitolo di San Pietro sulle schole del Borgo, e quindi anche di quella dei SS Michele e Magno, a detrimento di San Martino degli Svizzeri.
Nel 1446, Eugenio IV (Gabriele Condulmer – 1431-1447) soppresse la schola Frisorum ed il Capitolo di San Pietro ne ebbe la proprietà diretta, e l’affidò (1508) all’Arciconfraternita del SS Sacramento.
La chiesa ebbe restauri da Clemente VIII (Ippolito Aldobrandini – 1592-1605) e Urbano VIII (Maffeo Barberini – 1623-1644).
Nella chiesa fu ospitata anche una comunità di cento sacerdoti e venti chierici, sotto l’invocazione di Maria e S. Michele Arcangelo, fondata nel 1613. Nel 1715, Clemente XI (Giovanni Francesco Albani - 1700-1721) la trasferì vicino ponte Sisto e da quel momento si chiamò dei “Cento Preti”.
Agli inizi del ´700 fu chiusa per il suo stato di abbandono e solo tra il 1754 e il 1759, sotto Benedetto XIV (Prospero Lorenzo Lambertini – 1740-1758) e Clemente XIII (Carlo Rezzonico – 1758-1769), che la riconsacrò, fu ristrutturata da Carlo Murena (1713-1764) che chiuse le antiche colonne dentro dei pilastri e rivestì l’interno in stile neoclassico, lasciando però, sotto gli intonaci, la chiesa nel suo primitivo stile medievale. Le decorazioni della chiesa sono dovute a Raphael Mengs (1728-1779), che vi è sepolto (vedi Lapidi).
Seguono altri restauri conservativi, come quello del tetto, nel 1860, fortemente danneggiato da un incendio.
Dal 1989 l’uso della chiesa è stato concesso dall’Arciconfraternita al Collegio Olandese.
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